С июня 1941 года Красноярская железная дорога была переведена на военный график. В октябре того же года из Красноярска был отправлен первый эшелон с подарками для фронтовиков.

Всего на фронт призвали более 20 тысяч красноярских железнодорожников. В краевом центре было сформировано 9 отдельных бронепоездов, в том числе «Енисей», «Красноярск». 18 красноярских локомотивных бригад отправились на фронт для укомплектования экипажа бронепоездов.

На дороге было создано 35 паровозных колонн. Осенью 1942 года паровозная колонна №31 во главе с машинистом Диденко и заместителем по политчасти Забелиным была отправлена под Сталинград и шла вслед за наступающими войсками, обеспечивая их резервами и боеприпасами.

В первый год войны все маневровые паровозы Иланского депо стали работать не на черном, а на буром угле, причем в смеси с опилками и изгарью. Черный уголь экономили для фронта. За годы войны дорогой было сэкономлено 7084 тонны угля.

В 1942 году красноярцы выступили с инициативой перечислить средства на строительство танковой колонны «Красноярский железнодорожник». Всего было собрано 3 214 779 рублей, более 1 миллиона облигаций займов. Танковая колонна «Красноярский железнодорожник» поступила на вооружение 1-й Гвардейской танковой армии и участвовала в знаменитой Висло-Одерской операции и штурме Берлина. За строительство танковой колонны красноярские железнодорожники получили телеграмму с благодарностью от командующего 1-й танковой армией генерал-полковника М.Е. Катукова.